Le 9 juin 1933 Fernand est, comme prévu,  à bord du Flandre, un remorqueur qui doit l'amener de Stanleyville à Léopoldville. Il a tenu ses délais, et est est en route pour Kinsahsa, où doit avoir lieu sa dernière exposition, avant un départ pour Anvers. 

Le Flandre s'est amarré pour la nuit près de Yanongé, séparé de la berge par une barge. 

À 20 h 15 Fernand discute sur la passerelle avec les autres Européens du bord. Il s'excuse pour un instant, et se dirige vers le bureau qui lui sert de cabine. Quelques secondes plus tard, on entend le bruit d'une chute. Fernand est tombé dans le fleuve. 

Les recherches s'organisent immédiatement, mais dans la nuit, on ne trouve pas le corps. 

Ses pantoufles sont sur le bateau, l'une sur la passerelle, l'autre tombée sur l'entrepont. 

Le corps  est finalement retrouvé le 11 juin, plus bas dans le fleuve. Une autopsie montrera une fracture du crâne, une absence de poisons ou de médicaments dans l'estomac et un petit peu d'alcool, bu au repas. Les passagers du Flandre décrivent tous un Allard gai et ravi de revoir bientôt sa famille. L'hypothèse la plus probable est que Fernand est tombé pour une raison indéterminée, et que sa tête a cogné la barge amarrée le long du remorqueur. 

 

Fernand est enterré à la mission de Yanongé le 12 juin. 

 

Dans un premier temps, la famille et les proches de Fernand se demandent si Fernand n'a pas été victime d'un assassinat pour lui voler son portefeuille, qu'on n'a pas retrouvé sur lui. Plusieurs journaux belges titrent que Fernand a été assassiné par son boy... Difficile à croire quand on lit les lettres de FALO.

Mais quelque temps après, les "indigènes" [sic] qui avaient découvert le cadavre et ramené celui-ci en pirogue sont emprisonnés. Ils ont volé les 4250 francs que Fernand avait dans son portefeuille, ainsi que son canif et son mouchoir. Ils sont condamnés à de lourdes peines de prison, 3 ans pour celui qui a volé le portefeuille, et 3 mois à celui qui a gardé le canif... On a du mal à croire à une sévérité pareille de nos jours...

 

En Belgique, c'est la stupeur. Les articles et les hommages suite à la mort mystérieuse d'un des peintres vivants les plus connus se multiplient.

Son épouse reçoit des dizaines de lettres de condoléances et de soutien, de ses amis et connaissances.

Le 21 juin, c'est tout d'abord à Mons, au Salon du Bon Vouloir, qu'un hommage est rendu à FALO en même temps qu'à Maurice Guilbert un autre peintre de Mons, mort lui aussi prématurément.

En juillet le Cercle artistique de Tournai organise une cérémonie d'adieu au peintre, en présence de toute sa famille.

En novembre c'est l'association des Écrivains et Artistes Coloniaux Belges qui organise un vibrant hommage au disparu. À cette occasion le sculpteur Victor Demanet réalise un médaillon à l'effigie du peintre. Plusieurs amis et personnalités prennent la parole : Alfred Bastien vient raconter la guerre dans la Section artistique, Genval vient lire un texte de Gustave-Max Stevens. Joseph-Marie Jadot parle du Congo.

Plusieurs personnalités ont écrit des articles sur le peintre, qui paraissent le 15 novembre dans un numéro exceptionnel de La Revue sincère.

Léon Guébels, sous le nom d'Olivier de Bouveignes, publie lui une Stèle à la grandeur meurtrie d'Allard l'Olivier